夜里结石疼起来一般是由尿路结石、胆囊结石等原因引起的，可采用药物治疗、体外冲击波碎石术和内窥镜治疗等方式进行治疗，详情如下：

1. 药物治疗：药物治疗适用于较小的结石或疼痛症状不明显的患者。根据结石成分的不同，可以使用不同的药物来溶解结石或促进其排出。例如，对于尿酸结石，可以使用碱化尿液的药物，如柠檬酸钾；对于草酸钙结石，可以使用草酸钙溶解剂。药物治疗需要在医生的指导下进行，且需要长期坚持使用。

2. 体外冲击波碎石术（ESWL）：ESWL适用于较小的结石，通常直径不超过2厘米。该治疗方式使用体外冲击波的震波作用，使结石碎裂成较小的颗粒，然后通过尿液排出体外。ESWL是一种非侵入性治疗方式，无需手术切口，恢复较快。但是对于大尺寸、较硬的结石，ESWL效果可能较差。

3. 内窥镜治疗：内窥镜治疗适用于较大的结石或ESWL治疗无效的情况。该治疗方式通过膀胱或输尿管插入内窥镜，并使用激光等工具直接将结石碎裂或取出。内窥镜治疗是一种创伤较小的手术，可以精确处理结石，但需要专业的医生进行操作。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如手术切除结石。手术切除适用于较大、复杂的结石，或其他治疗方式无效的情况。手术切除需要进行开腹或腹腔镜手术，是一种创伤较大的治疗方式，适用于特殊情况下无法采用其他非侵入性治疗方式的患者。具体的治疗方式需要根据患者的具体情况和医生的建议进行选择。