手指甲有凹坑一般是由于缺乏营养、创伤或皮肤病等原因引起的，可采用保湿护理、营养补充和药物治疗等方式进行治疗，详情如下：

1. 保湿护理：当手指甲有凹坑时，保湿护理是最基本也是最重要的治疗方式之一。保持手指甲周围皮肤的湿润可以促进指甲的健康生长。可以使用滋润剂或护甲油每天涂抹在手指甲上，以保持指甲周围皮肤的水分。此外，避免使用含有刺激性成分的洗手液或清洁剂，以免进一步损伤指甲。

2. 营养补充：手指甲凹坑可能是由于缺乏某些营养物质引起的，因此补充适当的营养对指甲的修复和生长至关重要。可以增加摄入富含维生素A、维生素C、维生素E、锌和蛋白质的食物，如胡萝卜、柑橘类水果、坚果和海鲜等。此外，可以考虑服用专门针对指甲健康的营养补充剂，但在使用之前最好咨询医生或药师的建议。

3. 药物治疗：如果手指甲凹坑严重且影响日常生活，可以考虑药物治疗。常用的药物治疗方式包括局部涂抹含有角质软化剂或果酸的药膏，以促进指甲的修复和生长。此外，医生还可以根据具体情况开具口服药物，如生物素或抗真菌药物，来改善指甲的健康状况。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如光疗和手术矫正等。光疗是利用特定波长的光照射手指甲，促进指甲的修复和生长。手术矫正是一种通过手术方式修复指甲凹坑的治疗方法，适用于严重影响指甲外观和功能的情况。这些治疗方式需要在医生的指导下进行，并根据具体情况选择适合的治疗方法。