怀孕后发现巧囊一般是由内分泌失调、卵巢功能异常等原因引起的，可采用药物治疗、手术治疗和中医调理等方式进行治疗，详情如下：

1. 药物治疗：药物治疗是治疗巧囊的首选方法之一。对于巧囊较小、症状不明显的患者，可以选择口服避孕药或者抗雄激素药物进行治疗。避孕药可以通过抑制排卵、减少卵巢囊肿的形成，达到调节内分泌、缩小巧囊的效果。而抗雄激素药物可以抑制体内雄激素的合成，减少巧囊的生长。药物治疗适用于巧囊较小、无明显症状、希望保留生育能力的患者。

2. 手术治疗：手术治疗主要适用于巧囊较大、症状明显、伴有严重内分泌紊乱或影响生育能力的患者。常见的手术方式包括腹腔镜手术和开腹手术。腹腔镜手术是一种微创手术，通过在腹壁上开几个小孔，插入腹腔镜和手术器械进行操作，可以精确切除巧囊，减少手术创伤和术后恢复时间。而开腹手术则是通过在腹部开一个较大的切口，直接切除巧囊。手术治疗可以彻底清除巧囊，但术后需要注意休息和恢复，避免感染和并发症的发生。

3. 中医调理：中医调理是一种综合治疗方法，通过调整身体内环境，改善内分泌功能，达到缩小巧囊、调节月经、恢复生育能力的效果。常用的中医治疗方法包括中药调理、针灸和艾灸等。中医调理适用于巧囊较小、症状轻微、希望通过自然疗法调理的患者。但需要注意的是，中医治疗需要长期坚持，效果相对较慢，患者需要有足够的耐心和信心。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如激光治疗、冷冻治疗等，适用于巧囊较小、局部集中的患者。这些治疗方式可以通过激光或冷冻的方式破坏巧囊组织，达到治疗的效果。但这些治疗方式的选择需要根据患者的具体情况和医生的建议进行。