肩袖损伤肌肉正在萎缩一般是由长期不适当的运动或过度使用、年龄因素等原因引起的，可采用物理治疗、肌肉锻炼和手术等方式进行治疗，详情如下：

1. 物理治疗：物理治疗是肩袖损伤肌肉萎缩的常见治疗方法之一。适用于早期或轻度肩袖损伤，通过热敷、冷敷、电疗、超声波等物理疗法来缓解疼痛、促进血液循环、减轻肌肉萎缩。物理治疗具有非侵入性、安全可靠的特点，适用于大多数患者。

2. 肌肉锻炼：肌肉锻炼是肩袖损伤肌肉萎缩的重要治疗手段。通过针对性的肩部肌肉锻炼，可以增强肩袖肌肉的力量和稳定性，促进肌肉恢复和生长。肌肉锻炼可以分为主动锻炼和被动锻炼两种形式，对于肩袖损伤肌肉萎缩的患者来说，选择合适的肌肉锻炼方式有助于恢复肌肉功能。

3. 手术治疗：手术治疗适用于严重的肩袖损伤肌肉萎缩，包括完全撕裂等情况。手术可以修复受损的肩袖肌腱，恢复肌肉功能和稳定性。手术治疗需要根据患者的具体情况和医生的建议进行决策，手术后还需要进行一段时间的康复训练和肌肉锻炼。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如药物治疗和针灸等。药物治疗可以通过口服或外用药物来缓解疼痛、减轻炎症反应。针灸是一种中医治疗方式，可以通过刺激特定穴位来促进血液循环、缓解疼痛和促进肌肉恢复。这些治疗方式适用于不同的患者和具体情况，需要在医生的指导下进行选择和使用。