三个月宝宝消化不良腹泻一般是由消化道感染、饮食不当等原因引起的，可采用调整饮食、使用口服补液盐、服用益生菌等方式进行治疗，详情如下：

1. 调整饮食：当宝宝出现消化不良腹泻时，可以尝试调整饮食。给予小量、频次多的饮食，避免过多的脂肪和纤维摄入，同时避免刺激性食物，如辣椒、咖啡等。在饮食方面，可以试着给宝宝喂一些易消化的食物，如米粉、面粉糊等。饮食调整有助于减轻宝宝的肠道负担，缓解腹泻症状。

2. 口服补液盐：消化不良腹泻会导致宝宝丢失大量的水分和电解质，因此口服补液盐是非常重要的治疗方式。补液盐中含有适量的盐和糖，可以帮助恢复体内的电解质平衡。在给宝宝口服补液盐时，可以根据医生的建议和宝宝的体重确定用量。口服补液盐可以有效防止宝宝因腹泻而引起的脱水症状。

3. 服用益生菌：腹泻会导致宝宝肠道菌群失调，这时可以考虑给宝宝服用益生菌。益生菌能够帮助调节肠道菌群，增强肠道免疫力，减少有害菌的生长，有助于恢复肠道功能和缓解腹泻症状。在使用益生菌时，可以根据医生的建议选择适合宝宝年龄的产品，并按照说明进行使用。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如使用药物抗菌治疗。药物抗菌治疗一般适用于宝宝出现细菌感染引起的消化不良腹泻，如沙门氏菌感染。在使用药物抗菌治疗时，应遵循医生的指导，并注意药物的副作用和禁忌症。